種牡馬（しゅぼば）とは繁殖用の牡馬のこと。種馬（たねうま）とも言う。
牛、豚、羊などの畜産では優秀な種牡の精子を採出して凍結保存することが許されているが、競走馬に代表される馬産は一般的に人工授精や凍結精子の利用などによる人工的な妊娠手段を拒んでいる。凍結した精子は保存や運搬、売買が容易であるが、馬産においては常に生きた種牡馬が生きた繁殖牝馬（種牝馬）に直接交配をする必要がある。
したがって、優秀な種牡馬があっても繁殖牝馬にとって移動不可能な地域にいては交配ができないし、またいずれは寿命で死んでしまうため、生産界は常に新しい優秀な種牡馬を創出し発見する必要がある。また、競走馬の場合、交配が行われてから、子供が誕生して競走年齢に達して一定の成績が判定できるまでに4年から5年ほどの時間を要する事から、新しく種牡馬になったものが優秀であるかそうでないか判明するまでにタイムラグが生じる。
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この項では主に競走用の種牡馬について説明する。乗用や食肉用の種牡馬では異なる点もある。